أبدت الأمانة العامة لمنظمة التعاون الإسلامي استهجانها واستنكارها الشديدين لقيام مجموعات المستوطنين المتطرفين، ووزراء في حكومة الاحتلال الإسرائيلي وأعضاء كنيست، باقتحام وتدنيس باحات المسجد الأقصى المبارك بحماية من قوات الاحتلال الإسرائيلي، وتأدية طقوسهم التلمودية العنصرية في باحاته، معتبرة ذلك امتدادًا لانتهاكات إسرائيل (قوة الاحتلال) المتكررة لحرمة الأماكن المقدسة وحرية العبادة، وخرقًا صارخًا لاتفاقيات جنيف والقانون الدولي.
كما نددت المنظمة بما تُسمى مسيرة الأعلام التي تنظمها الجمعيات الاستيطانية داخل أحياء مدينة القدس المحتلة، مؤكدة أن مدينة القدس جزء لا يتجزأ من الأرض الفلسطينية المحتلة عام 1967، وعاصمة دولة فلسطين، وأن جميع القرارات والإجراءات التي يقوم بها الاحتلال الإسرائيلي لتهويد مدينة القدس المحتلة ليس لها أثر قانوني، وتعد لاغية وباطلة بموجب القانون الدولي وقرارات الشرعية الدولية.
وحمّلت المنظمة حكومة الاحتلال الإسرائيلي المسؤولية الكاملة عن تبعات استمرار هذه الاعتداءات الممنهجة التي تشكل استفزازًا لمشاعر المسلمين في كل أنحاء العالم، ومن شأنها أن تغذي الصراع الديني والتطرف وعدم الاستقرار في المنطقة.
كما جددت المنظمة دعوتها إلى أطراف المجتمع الدولي الفاعلة لتحمل مسؤولياتها، والتدخل من أجل وضع حد لهذه الانتهاكات الإسرائيلية الخطيرة، والحفاظ على الوضع التاريخي والقانوني للمقدسات الإسلامية والمسيحية في مدينة القدس المحتلة.